香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。
　　由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

　　丁常旺（郭晋安 饰）自幼就患有智障，智力一直停留在7岁水平，由单身母亲一手带大。阿旺虽然智力不高，但为人正直、十分热心，他和街坊阿凤（宣萱 饰）从小一起长大，青梅竹马；阿凤升学时阿旺甚至将自己的全部积蓄交给阿凤，让她能安心在美国完成学业。阿凤学成归来后进入了本地一家大集团钟氏集团工作，阿旺为了保护阿凤不被坏人欺负，亦进入钟氏集团当了一名信差。钟氏集团的老板（秦沛 饰）其实就是阿旺的亲生父亲，他同父异母的大哥钟子聪（黄宗泽 饰）也在钟氏任经理。阿旺乐于助人、尽职尽责的人生态度感染周围的许多人，只是，他7岁的智力水平能否应付成人世界里的虚伪？

　　明朝时期有一名女飞贼飞鹰（米雪 饰）劫富济贫，神捕陆战（元华 饰）也被她的风姿吸引，两人结合后生下一女，名叫陆拾义（周丽淇 饰），飞鹰也就此在江湖销声匿迹。长大后的拾义成为了一名女捕快，处处为百姓伸张正义，却被衙门中的男人看轻。刚好新上任的县令水东流整治官员中腐败现象，便与拾义联手破解了多宗奇案。
　　就在这个时候发生的一宗谋杀案，嫌疑犯锁定在飞鹰身上。母亲隐瞒多年的身份终于被拾义妹知道了。拾义妹为了帮飞鹰洗脱罪名，决定与水东流一起寻找真凶。