未来世界，面对妄图征服地球的外星人，出现了一个阻止敌人入侵的5人团队，为危难之中的人类带来了一线曙光，他们就是“科学忍者队”。 没有任务时五位成员各有工作，以普通人的身份生活。 一旦有异常情况出现，他们就成为无所不能的科学忍者，英勇的守护人类。